У системі хімічних наук сучасна органічна хімія займає цілком визначене і самостійне положення. Разом з тим вона знаходиться у взаємозв’язку з іншими, в тому числі і нехімічними, науками. Безпосередній зв’язок існує між органічною хімією і біохімією – наукою про процеси в живих організмах, у яких у кожний момент і протягом тривалого періоду проходять складні хімічні реакції. Близько до органічної хімії стоять такі науки як фармакологія, фармацевтична хімія, хімія білка, вуглеводів.