Японія розташована на Японському архіпелазі, що складається з 6852 островів. Чотири найбільші острови — Хонсю, Хоккайдо, Кюсю та Сікоку — становлять 97% території країни. Загальна площа Японії становить 377,9 тис. км².
Країна омивається Тихим океаном зі сходу та Японським морем із заходу. Найближчі сусіди: Південна Корея, Китай та Росія. Протяжність берегової лінії перевищує 29 тисяч кілометрів.
