Нормальна мікрофлора кишечнику відіграє важливу роль у багатьох фізіологічних функціях: бере участь у процесах травлення, обміні жирних кислот; впливає на структуру слизової оболонки кишечнику та її адсорбційну здатність; бере участь у синтезі вітамінів груп В і К, нікотинової кислоти тощо; сприяє формуванню і розвитку імунної системи, стимулює її діяльність; запобігає розвитку шкідливих видів мікроорганізмів, полегшує симптоми діареї і закрепів, запальних процесів.