Мікрофлора здорового шлунково-кишкового тракту складається на 85% з молочнокислих бактерій (лактобацил) і на 15% – з ентеробактерій (колі-форм). Видовий склад мікрофлори шлунку представлений: лактобактеріями; біфідобактеріями; бактероїдами; стрептококами; дріжджеподібними грибами.