На тлі багатьох найбільших річок світу, що перебувають у катастрофічному стані, Амазонка збереглася майже в первісному вигляді. У сучасному вигляді екосистема Амазонки склалася близько 24 млн. років тому. Уже 20 млн. років Амазонка не має собі рівних за кількістю і розмаїттям біопродукції.
Площу басейну поділяють Бразілія, Перу, Болівія, Колумбія, Еквадор і Венесуела. Країни з недостатньо розвинутою економікою мають свої пріоритети розвитку. Їм не до гідробудівництва, і найближчим часом тут бурхливого економічного розвитку не передбачається. На річці зовсім не багато гребель, русло не зарегульване: у паводки вода вільно розтікається. Та деякі греблі перешкоджають міграції деяких видів риби.
Якість води залишається високою: кисню в ній багато, а органічних домішок мало.
Завдяки віддаленості басейну від центрів цивілізації промисловість тут стала розвиватися порівняно пізно і не встигла заподіяти річці значної шкоди. Хоча є специфічні проблеми. У районах водозабору можливе забруднення металами в шахтах. У шлаках містяться ціаніди, цинк, мишяк, свинець, ртуть. Особливо відмічається забруднення вод ртуттю золотодобувних шахт в пониззі Амазонки. У грунтах басейну також багато ртуті. Забруднення ртуттю поки що не викликало серйозних захворювань, хоча її вміст у кістках риби й волоссі людей перевищує ГДК.
Водна система басейну цілком забезпечує потреби населення у воді. Але питну воду тут майже не обробляють, що викликає різні захворювання. Недостатнє й очищення комунальних стоків у містах.
Річки басейну – основні транспортні артерії в регіоні, інших просто немає.
Треба відмітити також забруднення вод нафтою, яке повязане з вибухами нафтопроводів та потрапляння продуктів нафтопереробки у басейн річки.
Вирубка лісів на найбільших притоках Амазнки поки що немає відчутного впливу, але може порушити екологічну систему регіону.
Так що проблема не в тім, як відновити екологічний баланс, а в тім, як захистити екосистему від руйнування.
Епоха великих відкриттів у басейні Амазонки ще не завершена. Вона триватиме доти, доки казково багаті скарби корисних копалин Амазонського басейну і могутні сили її річок не будуть поставлені на службу людині.