Мета конвенції полягає в наступному:
Збереженні дикої флори та фауни та їхніх природних місцеперебувань;
Заохоченні співпраці між державами в галузі охорони природи;
Моніторингу та контролі стану вразливих видів та видів, що знаходяться під загрозою зникнення;
Допомозі в виданні законодавчих актів та проведенні наукових досліджень з охорони природи.
1992 року для виконання Бернської конвенції Європейський Союз створив на своїй території мережу природоохоронних територій Natura 2000. 1998 року з цією ж метою Рада Європи створила Смарагдову мережу, яка діє як доповнення до Natura 2000 поза межами Євросоюзу. Вона складається з територій особливого природоохоронного значення (Areas of Special Conservation Interest, ASCIs).
Ця програма також здійснює моніторинг та контроль стану видів, що знаходяться під загрозою зникнення, та надає допомогу в законодавчій та науковій сферах.
