Вся мережа залізничного транспорту входить до державного підприємства АТ Укрзалізниця. До її структури входить шість регіональних філій: Придніпровська (з центром у місті Дніпро), Донецька (Лиман), Південна (Харків), Південно-Західна (Київ), Одеська (Одеса), Львівська (Львів).Існує територіальний та виробничо-функціональний принципи управління залізничним транспортом.