Гідрографічна мережа континенту поділяється між басейнами Атлантичного (ріки Ніл, Сенегал, Вольта, Нігер, Конго, Оранжева) та Індійського океанів (ріки Вебі-Шебелле, Руфіджі, Замбезі, Лімпопо)[3][6]. Головний вододіл проходить ближче до узбережжя Індійського океану, так як Висока Африка має більш пологий схил на захід. На басейн Атлантичного океану припадає близько 14,9 млн км² (51 %) (з яких на басейн Середземного моря — 4,35 млн км²), Індійського — 5,4 млн км² (18,5 %), області внутрішнього стоку — 9 млн км (30,5 % площі материка). Численні сухі долини тимчасових водотоків (ваді) свідчать про гумідні кліматичні умови в недавньому геологічному минулому.