Навчальна програма побудована за модульною системою. Вона містить інваріантну (обов’язкову) та варіативну складову. До інваріантної частини належать модуль: теоретико-методичні знання та загальна фізична підготовка, тобто підвищення функціональних можливостей організму і забезпечення гармонійного фізичного розвитку, зміст якого реалізовується упродовж кожного уроку. Практично кожен вид фізкультурно-спортивної діяльності (вид спорту) може бути представлений у вигляді варіативного модуля.
Змістове наповнення варіативної складової освітній заклад добирає самостійно із модулів, запропонованих модельною навчальною програмою. На вибір учнів/учениць упродовж року для 5-6 клас у має бути запропоновано 12-16 варіативних модулів; для 7-9 клас ах учні/учениці мають опанувати 8-12 варіативних модулів. Для добору варіативних модулів враховується наявність матеріально-технічної бази, регіональні традиції, кадрове забезпечення, гендерність, рівень безпеки та стан здоров’я здобувачів освіти, а також сезонність, коли заняття проходять на відкритих майданчиках чи у спортивних залах.
Вибір варіативних модулів учнем/ученицею відбувається кожної чверті/триместрі із 3-5 модулів, запропонованих освітнім закладом, після попереднього ознайомлення з їх особливостями. Для викладання протягом чверті/триместру для учнів 5-6 клас у визначаються 3-4 варіативні модулі; для 7-9 клас у визначаються 2-3, які набрали найбільшу кількість вподобань учнів/учениць.
