Географічно заповідник розташований на північному узбережжі Чорного моря і охоплює акваторію та дрібні острови у Тендрівській і Ягорлицькій затоках (острови Вовчий, Кривий та інші).
Заснований у 1927 році. Як біосферний заповідник затверджений Указом Президента України в 1993 р. У 1998 р. територію розширено на 13461 га.