Гідроекологія — наука, що вивчає водні екосистеми, їхні структури і закономірності функціонування, зумовлені взаємодією гідробіонтів як між собою, так і з навколишнім водним середовищем (В. Д. Романенко, 2001). Тісно пов'язана з гідрологією, гідрохімією, гідробіологією, зоологією. У гідроекології сформувалися свої інтегральні підходи до вивчення водних екосистем як складних екосистем надорганізменного рівня.