Оскільки регіони з мусонним кліматом мають чітко вологий і сухий сезони, вони схильні до повеней і посух, обидва з яких небезпечні для здоров’я. Під час літніх мусонів сильні опади можуть викликати повені. Потужні паводкові води можуть заглушити жертв і пошкодити будівлі, залишивши людей без будинків і вразливими для стихії. Проте основною небезпекою для здоров’я у період літнього сезону мусонів є хвороби: холера, денге, чикунгунья, малярія, а також інфекції шлунка та очей. Щороку, з наближенням літнього сезону мусонів, індійські лікарні готуються до великої кількості пацієнтів з цими недугами.
Холера може поширюватися через нечисту питну воду. Також комарі, які переносять хвороби, розмножуються у відкритих місткостях, які наповнюються дощовою водою — від великих бочок з водою і ставків до дрібної кокосової шкаралупи. Комарі, що водяться в тропіках, є носіями малярії, денге, чикунгуньї . Цей період для комах є особливо сприятливим для розмноження. А значить, більшає і кількість укусів комарів, які розносять хвороби.
Узимку хмари рідко забезпечують тінь, а поверхня суходолу не може охолонути випаровуванням, тому теплові хвилі є звичайним явищем. Менінгіт, який вбиває кожну десяту жертву, поширюється під час сухого сезону в Африці на південь від Сахари, коли пустельний пил потрапляє в повітря і вдихається. Зазвичай кількість хворих зменшується, коли починаються перші мусонні дощі. На багатьох людей впливає як вологий, так і сухий мусон. Наприклад, Малі на Заході Африка має швидко зростаюче населення, і дослідники виявили обмежені водні ресурси в посушливий сезон у період зростання населення.
