Озеро вулканічного походження, в ньому є 2 вирви — вважається, що це кратери давнього вулкана, заповнені водою. Його живить сірчане джерело. На плаваючих стеблах очерету осідає сірка. Вона надає синювато-блакитного відтінку воді, від чого й пішла назва. Вода в Синьому озері насичена сірководнем, тож у ній не водяться ні риби, ні земноводні, ні комахи.
