На транспорт припадає близько 25% викидів парникових газів в ЄС. Щоб досягти кліматичної нейтральності, необхідно до 2050 року скоротити викиди від транспорту на 90%. Скорочення мають відбутись в автомобільному, залізничному, авіаційному і водному секторах транспорту. Побудова сталого та розумного транспорту означає надання пасажирам більш комфортних, доступних та “чистіших” альтернатив їхнім поточним засобам пересування. У першу чергу – значна частина з 75% внутрішніх вантажів, що перевозяться автомобільним транспортом, повинна переміститися на залізницю та внутрішні водні шляхи. Це, в свою чергу, потребує кращого управління та збільшення пропускної здатності залізниць і внутрішніх водних шляхів. Ціна транспортних перевезень повинна відображати вплив, який вони здійснюють на довкілля та здоров’я. Субсидіювання викопного палива повинно припинитися. В контексті перегляду оподаткування енергетики Єврокомісія уважно розгляне поточні податкові пільги, включно з авіаційним і морським паливом, і повністю усуне будь-які прогалини.
Планується паралельно нарощувати виробництво та розгортання стійких альтернативних видів транспортного палива. До 2025 року на європейських дорогах очікується поява 13 мільйонів автомобілів з нульовим і низьким рівнем викидів. Для них загалом знадобиться близько 1 мільйона громадських станцій підзарядки та заправки. Забруднення від транспорту має значно зменшитися, особливо в містах. Комбінація заходів має зменшити викиди, подолати затори в містах і покращити громадський транспорт. Будуть також запропоновані більш жорсткі стандарти викидів для автомобілів з двигунами внутрішнього згоряння.