Крім України проходить також землями Молдови та Румунії. Початок бере неподалік гори Говерли, що знаходиться на заході країни. Рухаючись на схід, у бік Яремче та Чернівців. Через 100 км Прут повертає на південь і утворює природний кордон між Молдовою та Румунією. Починаючи від Яси річка стає судноплавною і впадає у Галаца в р. Дунай, недалеко від місця впадання Дунаю в Чорне море.
