Головною екологічною проблемою пустелі Гобі є її постійне розширення. Починаючи з 1994 року піски пустелі значно наблизилися до Пекіна. Китайську столицю та піски Гобі розділяють лише 160 км. Щорічно в місто потрапляє близько півмільйона тонн піску, який суттєво знижує видимість. Через це мешканці Пекіна часто змушені скасовувати рух повітряного транспорту та залишатися в приміщеннях, поки вітер не вщухне, а пісок не осяде. Китай входить до списку країн, найбільш постраждалих він глобальної проблеми спустелювання.Спустелювання – це процес, який перетворює родючі землі та ґрунти в пустелю – бідну, неродючу територію. Зазвичай спустелювання викликано людською діяльністю: вирубкою лісів, видобутком копалин. Природні фактори спустелювання – посуха та пожежі.
Ще одна екологічна проблема пустелі Гобі пов’язана з видобутком дорогоцінних металів. Китай та Монголія довгий час намагалися отримати дозвіл на видобування золота й міді в цьому регіоні, та отримали його лише в 2013 році. Як відомо, видобуток копалин неминуче призводить до порушення природної екосистеми, підвищенню рівня забруднення підземних вод, пошкодження ґрунту та знищення рослин. Тварини змушені мігрувати в інші регіони. Безсумнівно такий хід подій впливає й на жителів пустелі Гобі.
