Одним з головних речовин, що забруднюють Індійський океан, є нафта. Вона потрапляє в воду з-за періодичних аварій на прибережних нафтовидобувних станціях, а також в результаті корабельних аварій.
Індійський океан має кордон з низкою країн Близького і Середнього Сходу, де широко розвинена нафтовидобуток. Найбільшим районом, багатим «чорним золотом» є Перську затоку. Звідси починаються численні маршрути нафтоналивних танкерів в різні куточки світу. У процесі руху навіть при штатній експлуатації подібні кораблі можуть залишати після себе жирну плівку на воді.
Внесок у забруднення океану нафтою вносять також витоку з наземних технологічних трубопроводів і процедури промивання ємностей судів. Коли наливні цистерни танкерів очищають від нафтових залишків, робоча вода зливається в океан.