Заповідник знаходиться там, де Дунай впадає в Чорне море. На території заповідника налічується величезна кількість озер, заток, проток, каналів, боліт.Дельта Дунаю – це найбільш заболочена ділянка в Європі. Майже всі болота покриті непрохідними ділянками очерету, в якому гніздяться десятки видів птахів. У водах Дунайського заповідника живуть більше 90 видів риб, включаючи білугу – найбільшу прісноводну рибу. Люблять запливати сюди і чорноморські дельфіни, але особливим надбанням є тюлень-чернець, занесений до Європейського червоного списку. Багато хто, побувавши тут, кажуть, що заповідник схожий на втрачений рай – настільки відчувається тут гармонія з природою.